Già nel Quattrocento si erano levate voci di condanna del comportamento dei papi e dei cardinali, con la conseguente richiesta di un ritorno alla povertà del Cristianesimo delle origini. Tutti i movimenti riformatori si appellavano agli insegnamenti dei Vangeli.
Nel Cinquecento il monaco tedesco Martin Lutero si batté contro la corruzione delle alte gerarchie ecclesiastiche e in particolare contro il commercio delle indulgenze (perdono dei peccati), concesse ai fedeli in cambio di denaro.
Nel 1517 Lutero affisse le sue tesi alle porte del duomo di Wittenberg, chiedendo una chiesa più attenta agli aspetti spirituali che a quelli temporali. Il papa Leone X lo scomunicò e da quel momento si ebbe la scissione fra i cristiani, con la nascita della Chiesa luterana (evangelica).
La Riforma ebbe conseguenze sulla musica del tempo, infatti Lutero riteneva che la lingua latina non potesse essere più considerata la lingua della chiesa, perché escludeva dalla vita religiosa e dalla preghiera la grande maggioranza dei fedeli, persone umili di lingua tedesca. Propose, quindi, una nuova musica religiosa basata sul corale: prese dalla tradizione popolare delle melodie già esistenti e su di esse adattò i testi della Bibbia che lui stesso tradusse in tedesco.
Per contrastare la diffusione del Protestantesimo, la Chiesa reagì alla riforma luterana con una serie di disposizioni e decisioni che vengono chiamati con l’etichetta di Controriforma. Nel 1545 a Trento fu indetto un Concilio, che dopo molti anni formulò i principi religiosi e liturgici che non potevano essere cambiati. Anche in campo musicale gli effetti furono importanti: le melodie profane vennero vietate nell’ambito della liturgia e all’interno delle chiese venne proibita ogni forma di musica strumentale, fatta eccezione per alcuni brani all’organo. Opponendosi completamente a ciò che affermava la Riforma protestante, il Concilio di Trento stabilì che il testo cantato doveva essere in latino e decretò l’estraneità dei fedeli al canto sacro, che venne affidato esclusivamente ai cantores specializzati delle Scholae cantorum.