Giovanni Francesco Bernardone nasce nel 1182 ad Assisi. Il padre, di nome Pietro, è un mercante di stoffe, la madre è la nobile Giovanna detta "la Pica", di origine provenzale.
Nel 1202 si arruola come soldato nella guerra tra Assisi e Perugia, ma a fine 1203, dopo la disfatta subita dagli assisiani a Ponte San Giovanni, viene fatto prigioniero. Dopo un anno di dura prigionia viene liberato su pagamento del riscatto.
Nel 1205 si arruola come volontario nella cavalleria del conte Gualtiero di Brenne, che in Puglia combatte per il papa. Giunto a Spoleto, una voce in sogno lo invita a "servire il padrone invece che il servo" e di ritornare ad Assisi. Folgorato dalla rilevazione, torna alla sua città e inizia a dedicarsi al conforto e alla cura dei lebbrosi.
In preghiera davanti al Crocifisso posto nella Cappella di San Damiano, una voce gli dice di sistemare la sua chiesa ormai in rovina. San Francesco ristruttura la vecchia chiesa dedicata a San Damiano e altre chiese nei dintorni di Assisi.
Ormai in forte contrasto con il padre, che non accetta la sua vocazione, Francesco rinuncia all’eredità spogliandosi pubblicamente. Il Vescovo Guido (ordinario Episcopale in Assisi) copre con il mantello la sua nudità.
Il giovane viene affidato ai benedettini, ma presto inizia a girare per le strade di Assisi e dei paesi vicini nelle località del Monte Subasio, pregando, servendo i più poveri e consolando i lebbrosi.
Nel 1208, durante la messa celebrata nella chiesa Santa Maria degli Angeli detta la "Porziuncola", mentre viene letto il passo del Vangelo di Matteo (10:5-14), in cui si esorta a lasciare tutto per andare a predicare il verbo nel mondo e a fare il bene ovunque, Francesco decide di seguire questa indicazione. Comprende allora che le parole del Crocifisso a San Damiano non si riferivano alla ricostruzione del piccolo tempio, ma al rinnovamento della Chiesa.
Ritornato ad Assisi, intorno a Francesco si raccolgono alcuni compagni attratti dal suo esempio. Nel 1210 Papa Innocenzo III riconosce l’Ordine dei Frati Minori (poi denominato Primo Ordine), così chiamati da Francesco per indicare la loro condizione di assoluta mancanza di potere e di ricchezza.
Chiara Scifi, figlia del nobile assisiate Favarone di Offreduccio, nella notte della Domenica delle Palme del 1211 (o del 1212), a Santa Maria degli Angeli, ottiene da Francesco di poter entrare nel suo ordine religioso. In seguito, altre ragazze (fra cui anche la sorella di Chiara, Agnese) seguono il suo esempio.
Il successore di papa Innocenzo III, Onorio III, è molto importante per il consolidamento della fraternità e la sua trasformazione in vero e proprio Ordine mendicante, prima espressione del quale è il celebre capitolo generale tenutosi in Assisi nella Pentecoste del 1217. I capitoli generali dell’Ordine si tengono ogni due anni ed hanno la finalità di impostare la vita comunitaria, di organizzare l’attività di preghiera, di rinsaldare l’unità interna ed esterna, di decidere nuove missioni.
La comunità di San Francesco tra il 1209 e il 1220 si accresce rapidamente. I frati predicano il messaggio di perdono e pace, non solo in Italia ma oltre le Alpi (Germania, Francia e Spagna) e persino in Siria.
Dal 1219 fino a metà del 1220 Francesco tenta personalmente l’attività missionaria. Nel 1219 Francesco si reca in Oriente, accolto come messaggero di pace per la liberazione dei luoghi santi dallo stesso sultano d’Egitto Malik a-Kamil, mentre le truppe occidentali assediano Damietta.
Al successivo Capitolo Generale (detto "delle Stuoie", giugno 1221) viene scelto come vicario frate Elia e viene approvata una seconda Regola, divisa in 23 capitoli. Caratterizzata da uno stile di povertà assoluta, viene approvata solo oralmente da Innocenzo III e quindi viene ricordata come Regola non bollata.
La terza e definitiva Regola (detta Regola bollata), redatta da Francesco con l’aiuto del Cardinale Ugolino Di Anagni (il futuro Papa Gregorio IX), è strutturata in 12 capitoli ed è approvata il 29 Novembre del 1223 da Papa Onorio III con la bolla "Solet annuere Sedes Apostolica".
Francesco trascorre in località La Verna (fra Toscana e Romagna), le settimane dalla metà di Agosto sino alla fine di Settembre 1224 per il tempo di una quaresima dedicata all’Arcangelo Michele. In questo luogo, il 14 settembre, giorno dell’Esaltazione della santa Croce, riceve le stigmate.
Gravemente malato, dopo le ultime prediche all’inizio del 1225, Francesco si rifugia a San Damiano dove compone il famoso "Cantico di frate Sole" o "Cantico delle Creature".
Nonostante le cure cui Francesco accetta di sottoporsi, le sue condizioni si aggravano e i frati decidono di trasportarlo ad Assisi. Francesco chiede di essere portato all’amata Porziuncola, dove a tarda sera del 3 ottobre 1226, muore recitando il salmo 141, adagiato sulla nuda terra.
Il 16 luglio 1228 è proclamato santo da papa Gregorio IX che ne fissa la festa il 4 ottobre.
il 18 giugno 1939 papa Pio XII proclama Francesco, assieme a Santa Caterina da Siena, patrono principale d’Italia.